周启涛生物技术工作室

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高分期刊文献的中文解读,带原文图。按公众号体拆开:背景、问题、路线、亮点、数据和代码。 原文来自开放获取论文,文末标注作者、DOI 与许可,详见版权声明

IF36.1|CyLinter:高多重组织图像单细胞分析的质控利器(原文图,详见文章页署名)

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单细胞与空间2024/10/30

IF36.1|CyLinter:高多重组织图像单细胞分析的质控利器

成像伪影严重干扰单细胞分析,CyLinter通过人机交互质控显著提升聚类与细胞分型准确性。

IF36.1|空间转录组推断等位特异拷贝数与肿瘤系统地理(原文图,详见文章页署名)

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单细胞与空间2024/10/30

IF36.1|空间转录组推断等位特异拷贝数与肿瘤系统地理

CalicoST 从空间转录组数据同时推断等位特异拷贝数变异和肿瘤空间演化历史。

IF50.5|组织间隙是布氏锥虫抗原多样性的储存库(原文图,详见文章页署名)

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微生物组与感染2024/10/30

IF50.5|组织间隙是布氏锥虫抗原多样性的储存库

布氏锥虫在组织间隙中积累的抗原多样性远超血液,是其逃避免疫清除的关键。

IF50.5|定制化冠状病毒受体:不依赖天然受体建立感染模型(原文图,详见文章页署名)

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微生物组与感染2024/10/30

IF50.5|定制化冠状病毒受体:不依赖天然受体建立感染模型

模块化设计人工受体,让无已知受体的冠状病毒也能在体外高效感染和培养。

结构与蛋白质组2024/10/24

IF36.1|冷冻电镜单颗粒重构中的元素定位新方法REEL

REEL分析将电子能量损失谱与单颗粒图像处理结合,实现冷冻生物大分子复合物的三维元素定位。

IF50.5|机器学习指导设计细胞类型特异性顺式调控元件(原文图,详见文章页署名)

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基因组与遗传2024/10/23

IF50.5|机器学习指导设计细胞类型特异性顺式调控元件

深度学习模型+序列优化算法,从头设计出比天然序列更特异的合成CRE,并在斑马鱼和小鼠体内验证。

IF50.5|褐藻胚胎发育的转录组沙漏模型(原文图,详见文章页署名)

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发育与进化2024/10/23

IF50.5|褐藻胚胎发育的转录组沙漏模型

复杂多细胞褐藻胚胎发育呈现转录组沙漏,保守期对应细胞分化到增殖的转换。

IF50.5|mRNA ADP-核糖基化:细菌抗噬菌体新机制(原文图,详见文章页署名)

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微生物组与感染2024/10/23

IF50.5|mRNA ADP-核糖基化:细菌抗噬菌体新机制

CmdTAC系统通过修饰mRNA阻断翻译,阻止T4噬菌体复制。

IF50.5|下丘脑BDNF神经元连接内感受与咀嚼运动调控摄食(原文图,详见文章页署名)

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神经科学2024/10/23

IF50.5|下丘脑BDNF神经元连接内感受与咀嚼运动调控摄食

VMHBDNF神经元作为关键节点,将能量状态信号直接传递给控制下颌运动的脑干前运动区,从而调节进食行为。

IF31.7|碱基编辑筛选揭示癌症耐药机制遗传图谱(原文图,详见文章页署名)

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基因组与遗传2024/10/18

IF31.7|碱基编辑筛选揭示癌症耐药机制遗传图谱

大规模碱基编辑筛选系统绘制十种抗癌药耐药变异图谱,并揭示四类功能变异。

IF46.9|Droplet Hi-C实现异质组织单细胞染色质构象高通量解析(原文图,详见文章页署名)

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单细胞与空间2024/10/18

IF46.9|Droplet Hi-C实现异质组织单细胞染色质构象高通量解析

微流控液滴法让单细胞Hi-C通量提升一个数量级,并能在单细胞水平区分ecDNA与HSR。

多组学与方法2024/10/17

IF36.1|PetaKit5D:面向拍字节级光片显微镜数据的可扩展图像处理工具

PetaKit5D 以超过现有方法一个数量级的速度,实现拍字节级光片图像的高效处理。

IF50.5|幽门螺杆菌存在古老生态种Hardy(原文图,详见文章页署名)

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微生物组与感染2024/10/16

IF50.5|幽门螺杆菌存在古老生态种Hardy

幽门螺杆菌分化出两个古老生态种,Hardy与Ubiquitous共存于人类胃中。

IF50.5|相纯χ-Fe5C2高效转化合成气制线性α-烯烃(原文图,详见文章页署名)

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其他前沿2024/10/16

IF50.5|相纯χ-Fe5C2高效转化合成气制线性α-烯烃

相纯χ-Fe5C2催化剂在温和条件下实现高活性、低CO2选择性的合成气直接制线性α-烯烃。

IF50.5|细菌免疫蛋白CapRelSJ46直接感知两种截然不同的噬菌体蛋白(原文图,详见文章页署名)

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微生物组与感染2024/10/16

IF50.5|细菌免疫蛋白CapRelSJ46直接感知两种截然不同的噬菌体蛋白

同一个传感器结构域,两种完全无关的噬菌体蛋白,双重感知让噬菌体更难逃逸。

IF50.5|空间蛋白质组学揭示JAK抑制剂可治疗致死性皮肤药物反应(原文图,详见文章页署名)

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单细胞与空间2024/10/16

IF50.5|空间蛋白质组学揭示JAK抑制剂可治疗致死性皮肤药物反应

深度视觉蛋白质组学锁定JAK/STAT通路为TEN关键驱动,JAK抑制剂在模型和患者中均显疗效。

IF46.9|热稳定Cas9 RNP脂质纳米颗粒实现肝肺高效编辑(原文图,详见文章页署名)

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基因组与遗传2024/10/16

IF46.9|热稳定Cas9 RNP脂质纳米颗粒实现肝肺高效编辑

进化改造的iGeoCas9结合LNP递送,单次静脉注射即可在肝肺实现16–37%编辑效率。

IF46.9|FLiP–MS实验标记库全局解析蛋白质复合物动态(原文图,详见文章页署名)

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结构与蛋白质组2024/10/16

IF46.9|FLiP–MS实验标记库全局解析蛋白质复合物动态

一种结合超滤与LiP–MS的新方法,可高通量、结构分辨地追踪蛋白质互作变化。

IF36.1|STAMP:可解释的空间感知降维方法(原文图,详见文章页署名)

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单细胞与空间2024/10/15

IF36.1|STAMP:可解释的空间感知降维方法

STAMP用主题模型从空间转录组中提取可解释的低维主题和基因模块,性能优于现有方法。

IF50.5|实验感染奶牛重现H5N1病毒性乳腺炎(原文图,详见文章页署名)

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微生物组与感染2024/10/15

IF50.5|实验感染奶牛重现H5N1病毒性乳腺炎

乳腺内接种H5N1 B3.13导致奶牛乳腺炎和产奶下降,病毒在乳汁中持续高水平排毒。

IF36.1|GlycoShape:秒级恢复糖蛋白天然构象的糖基化工具箱(原文图,详见文章页署名)

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结构与蛋白质组2024/10/14

IF36.1|GlycoShape:秒级恢复糖蛋白天然构象的糖基化工具箱

基于1毫秒分子动力学采样,GlycoShape数据库与Re-Glyco算法可快速重建糖蛋白结构,N-糖基化位点预测准确率达93%。

IF50.5|钙钛矿太阳能电池昼夜循环下晶格应变加速衰减(原文图,详见文章页署名)

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其他前沿2024/10/14

IF50.5|钙钛矿太阳能电池昼夜循环下晶格应变加速衰减

自然昼夜循环比连续光照更伤钙钛矿电池,晶格应变是元凶。

IF36.1|单步20倍膨胀显微术实现纳米级成像(原文图,详见文章页署名)

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多组学与方法2024/10/11

IF36.1|单步20倍膨胀显微术实现纳米级成像

20ExM以单次膨胀达到迭代方案的分辨率,简化了超分辨成像流程。

IF46.9|DREAM挑战赛优化基因调控序列深度学习模型(原文图,详见文章页署名)

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多组学与方法2024/10/11

IF46.9|DREAM挑战赛优化基因调控序列深度学习模型

百万随机启动子数据训练出的模型,跨物种预测依然领先。

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