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高分期刊文献的中文解读，带原文图。按公众号体拆开：背景、问题、路线、亮点、数据和代码。 原文来自开放获取论文，文末标注作者、DOI 与许可，详见版权声明。
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IF36.1｜Xenium空间转录组灵敏度、特异性与信号污染的系统解析
大规模基准揭示Xenium转录本溢漏普遍存在，SPLIT校正后T细胞耗竭信号得以显现。
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IF50.5｜早期结直肠癌中肿瘤胎儿可塑性普遍出现
转移相关肿瘤胎儿状态在T1期结直肠癌侵袭前沿已普遍存在，但并非转移充分条件。
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IF50.5｜人类母胎界面单细胞时空多组学图谱
整合单核多组学与亚微米空间技术，系统解码母胎界面细胞状态、空间生态位与妊娠疾病遗传风险。
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IF50.5｜全切片边缘断层成像实现临床级自主细胞病理诊断
边缘计算+3D全切片断层成像，让AI细胞学诊断首次达到临床级自主水平。
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IF50.5｜单细胞与异构体分辨率的脑翻译组图谱
Ribo-STAMP结合长短读测序，首次在单细胞水平解析小鼠海马异构体特异性翻译。
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IF50.5｜Thetis细胞发育起源与转录调控机制
Thetis细胞源自淋巴系前体，PU.1决定其命运，RANKL驱动TC I分化。
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IF50.5｜单核细胞向组织驻留巨噬细胞分化需要DHPS
DHPS缺失导致全身组织驻留巨噬细胞缺陷，单核细胞持续涌入却无法分化成熟。
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IF50.5｜双向CRISPR筛选揭示GLIS3驱动的纤维化细胞环路
炎症相关成纤维细胞通过GLIS3整合巨噬细胞信号，驱动肠纤维化。
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IF36.1｜Pertpy：单细胞扰动分析端到端框架
一个Python框架整合了30+扰动数据集和100+分析函数，让单细胞扰动分析从数据到结论一气呵成。
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IF50.5｜人肝门静脉区类组装体体外重现门周组织结构
首次实现成人肝细胞长期扩增，并组装出保留门周细胞互作与纤维化特征的类器官模型。
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IF36.1｜单细胞筛选揭示神经类器官对形态发生素的响应规律
系统评估形态发生素对神经类器官区域特化的影响，为优化类器官模型提供参考。
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IF36.1｜CellSAM：通用细胞分割基础模型
一个模型搞定组织、细胞培养、酵母、细菌等各类细胞图像分割，性能媲美专家标注。
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IF36.1｜Carta：从谱系追踪数据推断细胞分化图谱
Carta用数学框架权衡图谱复杂度与谱系树差异，准确重建发育层级。
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IF50.5｜MAPK驱动上皮可塑性导致结直肠癌靶向耐药
MAPK抑制迫使肿瘤细胞切换干细胞命运，绕过靶点杀伤。
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IF36.1｜ImmunoMatch：用机器学习预测抗体轻重链配对
AI模型从序列中学习抗体轻重链配对规则，揭示B细胞成熟中的配对优化。
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IF50.5｜空间成纤维细胞微环境定义克罗恩病瘘管
FAS成纤维细胞分层环绕瘘管，驱动侵袭、纤维化与上皮化，是瘘管形成和持续的核心细胞。
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IF36.1｜STORIES：用最优传输从时空转录组学学习细胞命运景观
空间信息显著提升细胞轨迹推断的准确性，STORIES 在三个时空图谱上超越现有方法。
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IF36.1｜Nicheformer：融合单细胞与空间组学的基础模型
用110M细胞预训练的Transformer，把空间微环境信息迁移到解离单细胞数据。
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IF31.7｜发育中人类心脏的时空基因表达与细胞动态图谱
单细胞与空间转录组联合解析人类心脏早期发育，揭示起搏传导系统、瓣膜和神经支配的细胞蓝图。
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IF36.1｜CytoTRACE 2：可解释深度学习重构单细胞发育潜能
用可解释的深度网络，把单细胞转录组直接映射到绝对发育潜能，跨数据集可比。
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IF36.1｜PHLOWER：用霍奇拉普拉斯分解推断多分支分化轨迹
PHLOWER利用单纯复形上的调和分量，从多模态单细胞数据中重建复杂分化树，并预测关键转录因子。
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IF36.1｜scooby：从DNA序列预测单细胞多组学谱
用Borzoi加细胞解码器，scooby把单细胞ATAC和RNA预测推到新高度。
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IF36.1｜单细胞多组学整合方法多任务基准评测
40种整合方法、7大任务、86个数据集，系统回答“该用哪个工具”。
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IF31.7｜空间多组学揭示NSCLC免疫治疗耐药与响应特征
空间蛋白组+空间转录组锁定肿瘤/基质区室特异细胞与基因签名，预测PD-1免疫治疗结局。