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IF36.1｜CHIMERYS统一解析嵌合谱的蛋白质组学算法（原文图，详见文章页署名）

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多组学与方法2025/04/22

IF36.1｜CHIMERYS统一解析嵌合谱的蛋白质组学算法

一个算法通吃DDA、DIA和PRM，嵌合谱解卷积大幅提升鉴定深度。

IF50.5｜TENT5A介导的再腺苷化增强mRNA疫苗效力（原文图，详见文章页署名）

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多组学与方法2025/04/16

IF50.5｜TENT5A介导的再腺苷化增强mRNA疫苗效力

mRNA疫苗进入细胞后，其poly(A)尾可被TENT5A延长，从而增强稳定性和抗原产量。

IF36.1｜Perturb-tracing：高通量筛选多尺度三维基因组调控因子（原文图，详见文章页署名）

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多组学与方法2025/04/10

IF36.1｜Perturb-tracing：高通量筛选多尺度三维基因组调控因子

一种结合CRISPR筛选与染色质示踪的新方法，一次性发现21个多尺度三维基因组调控因子。

IF50.5｜多模态细胞图谱：整合互作组与空间成像解析人类亚细胞结构（原文图，详见文章页署名）

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多组学与方法2025/04/09

IF50.5｜多模态细胞图谱：整合互作组与空间成像解析人类亚细胞结构

融合AP-MS与免疫荧光，构建U2OS细胞5100+蛋白的亚细胞组装图谱，揭示癌症新靶点。

IF58.7｜非洲传统饮食与西式饮食对男性免疫代谢的不同影响（原文图，详见文章页署名）

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多组学与方法2025/04/03

IF58.7｜非洲传统饮食与西式饮食对男性免疫代谢的不同影响

两周饮食切换即可改变免疫与代谢状态，传统饮食和发酵饮料具抗炎效应，西式饮食则促炎。

IF36.1｜Uncalled4：快速精准的纳米孔信号比对提升DNA与RNA修饰检测（原文图，详见文章页署名）

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多组学与方法2025/03/28

IF36.1｜Uncalled4：快速精准的纳米孔信号比对提升DNA与RNA修饰检测

更快的信号比对、更小的文件、更灵敏的m6A检测，Uncalled4让纳米孔表观修饰分析更高效。

IF46.9｜AAV基因组间转录串扰机制实现大基因货物靶向递送（原文图，详见文章页署名）

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多组学与方法2025/03/20

IF46.9｜AAV基因组间转录串扰机制实现大基因货物靶向递送

利用AAV基因组间的转录串扰，将增强子与启动子分装于两个病毒，实现细胞类型特异性的大基因表达与基因编辑。

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多组学与方法2025/03/19

IF36.1｜25种染色质接触图谱比较方法系统评测

没有万能指标，选对比较方法才能挖出3D基因组的真实差异。

IF58.7｜社会弱势加速衰老：多队列蛋白质组与疾病证据（原文图，详见文章页署名）

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多组学与方法2025/03/14

IF58.7｜社会弱势加速衰老：多队列蛋白质组与疾病证据

社会弱势通过上调NF-κB/IL-8炎症通路，加速衰老相关疾病发生。

IF36.1｜HuBMAP 3D人类参考图谱构建与应用（原文图，详见文章页署名）

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多组学与方法2025/03/13

IF36.1｜HuBMAP 3D人类参考图谱构建与应用

HuBMAP发布3D人类参考图谱，统一多尺度人体数据，助力疾病研究。

IF36.1｜长读长RNA测序系统基准：转录本水平分析更稳健（原文图，详见文章页署名）

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多组学与方法2025/03/13

IF36.1｜长读长RNA测序系统基准：转录本水平分析更稳健

SG-NEx数据集揭示长读长RNA-seq在主要异构体鉴定上优于短读长。

IF31.7｜血液基因表达与剪接遗传调控图谱及多组学整合（原文图，详见文章页署名）

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多组学与方法2025/03/04

IF31.7｜血液基因表达与剪接遗传调控图谱及多组学整合

4,732人血液RNA-seq揭示17,233个基因表达QTL和29,514个剪接QTL，整合蛋白与代谢组数据，解析疾病机制。

IF36.1｜Nellie：全自动细胞器分割追踪与层级特征提取（原文图，详见文章页署名）

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多组学与方法2025/02/27

IF36.1｜Nellie：全自动细胞器分割追踪与层级特征提取

一个免代码的Napari插件，让细胞器动态分析从像素到网络全自动完成。

IF31.7｜儿童青少年血浆蛋白质组变异及其遗传决定因素（原文图，详见文章页署名）

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多组学与方法2025/02/19

IF31.7｜儿童青少年血浆蛋白质组变异及其遗传决定因素

2147名儿童青少年血浆蛋白质组揭示70%蛋白受年龄、性别、BMI或遗传变异调控。

IF46.9｜CRISPR–Csm实现单分子活细胞RNA成像（原文图，详见文章页署名）

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多组学与方法2025/02/18

IF46.9｜CRISPR–Csm实现单分子活细胞RNA成像

用CRISPR–Csm和多重gRNA，首次在活细胞内直接看到单个内源mRNA的动态。

IF36.1｜Cellpose3：一键图像修复提升细胞分割（原文图，详见文章页署名）

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多组学与方法2025/02/12

IF36.1｜Cellpose3：一键图像修复提升细胞分割

针对噪声、模糊和欠采样图像，Cellpose3通过优化分割而非像素重建，实现开箱即用的分割提升。

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多组学与方法2025/02/12

IF36.1｜微镜图像分割基础模型μSAM

微调SAM并加入自动分割解码器，一个模型同时支持交互式与自动分割。

IF36.1｜糖结合荧光探针Rhobo6实现活体细胞外基质免洗成像（原文图，详见文章页署名）

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多组学与方法2025/02/06

IF36.1｜糖结合荧光探针Rhobo6实现活体细胞外基质免洗成像

一种细胞不可透的小分子染料，可逆结合糖链后荧光增强并红移，实现从体外到活体肿瘤的ECM免洗可视化。

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多组学与方法2025/01/27

IF36.1｜人类细胞形态全基因组图谱

首个基于形态学的全基因组扰动图谱，连接基因与细胞功能。

IF31.7｜肥胖促冠心病新机制：COL6A3衍生内皮抑素（原文图，详见文章页署名）

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多组学与方法2025/01/24

IF31.7｜肥胖促冠心病新机制：COL6A3衍生内皮抑素

肥胖通过升高血浆内皮抑素水平，显著增加冠心病风险。

IF46.9｜深度学习实现纳米载体全身单细胞分辨率成像（原文图，详见文章页署名）

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多组学与方法2025/01/14

IF46.9｜深度学习实现纳米载体全身单细胞分辨率成像

SCP-Nano以单细胞精度揭示纳米药物全身分布，发现LNP疫苗心脏脱靶及蛋白组改变。

IF50.5｜TabPFN：小样本表格数据的可学习基础模型（原文图，详见文章页署名）

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多组学与方法2025/01/08

IF50.5｜TabPFN：小样本表格数据的可学习基础模型

一个在合成数据上预训练的Transformer，2.8秒内超越调参4小时的梯度提升树。

多组学与方法2025/01/02

IF36.1｜NanoPyx：基于Liquid Engine的自适应加速生物图像分析框架

NanoPyx通过动态生成并学习最优代码，大幅提升显微图像分析速度。

IF46.9｜NIS-Seq：核内原位测序实现细胞类型无关的光学扰动筛选（原文图，详见文章页署名）

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多组学与方法2024/12/19

IF46.9｜NIS-Seq：核内原位测序实现细胞类型无关的光学扰动筛选

NIS-Seq将光学扰动筛选拓展至任意有核细胞，突破转录活性和细胞体积限制。