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高分期刊文献的中文解读，带原文图。按公众号体拆开：背景、问题、路线、亮点、数据和代码。 原文来自开放获取论文，文末标注作者、DOI 与许可，详见版权声明。
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IF50.5｜劫持细菌ABC转运体实现非天然氨基酸高效编码
利用三肽前药策略主动转运非天然氨基酸，突破遗传密码扩展的摄取瓶颈。
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IF50.5｜MetaGraph：让PB级序列库实现全文搜索
用注释de Bruijn图把67 Pbp公共序列压成几个硬盘，搜索成本低至0.74美元/Mbp。
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IF36.1｜CaCoFold-R3D：进化信息引导的RNA三维模块与二级结构一体化预测
一个概率语法模型同时预测RNA二级结构和50多种三维模块，又快又准。
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IF36.1｜傅里叶三维多级Transformer实现多细胞样本像差校正
AOViFT用傅里叶嵌入和三维多级Transformer，无需波前传感器即可校正活体样本像差。
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IF58.7｜脓毒症血液转录组共识分型框架
三大独立分型方法整合出CTS1-3共识亚型，揭示类固醇治疗在CTS2中的潜在危害。
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IF50.5｜线粒体DNA掺入核糖核苷酸驱动炎症
核苷酸失衡导致mtDNA掺入rNMP，释放至胞质激活cGAS–STING，引发衰老相关炎症。
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IF50.5｜核斑点通过捕获自身mRNA实现凝聚倾向蛋白的集体稳态
核斑点作为传感器，通过选择性捕获富含GA的多价mRNA，负反馈调控易凝聚蛋白剂量。
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IF36.1｜从常见到稀有：迁移学习建模25万种节肢动物
CORAL借常见物种信息，让稀有物种也能被有效建模与预测。
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IF36.1｜GPU加速MMseqs2实现超快同源搜索
MMseqs2-GPU在单蛋白搜索中比CPU方法快6倍，且成本最低。
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IF50.5｜生成式Transformer学习人类疾病自然史
Delphi-2M用GPT架构同时预测千余种疾病风险，并可采样未来健康轨迹。
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IF50.5｜利用蛋白-代谢物共变发现LRRC58调控半胱氨酸分解
LRRC58作为E3泛素连接酶底物适配器，响应半胱氨酸水平降解CDO1，控制肝脏胆固醇。
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IF36.1｜MSnLib：开源多级质谱谱图库的高效构建
30,008个化合物、超230万张MSn谱图，开源多级质谱库MSnLib大幅扩展公共谱图资源。
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IF36.1｜CLEM-Reg：基于点云自动配准的体积光电关联新算法
用线粒体分割点云自动配准，将vCLEM对齐从2小时缩短到几分钟，精度接近专家手动。
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IF50.5｜GRACE：自适应体积打印实现上下文感知制造
结合3D成像、计算机视觉和参数化建模，让打印机“看见”并“适应”打印环境。
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IF36.1｜统一质谱成像绘制脊椎动物发育脂质组图谱
uMAIA框架整合大规模质谱成像数据，首次构建斑马鱼胚胎发育的四维脂质代谢图谱。
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IF36.1｜单细胞DNA-RNA联合测序直接关联基因变异与表达
SDR-seq在数千单细胞中同时捕获gDNA和RNA，将基因型与表达表型直接挂钩。
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IF31.7｜跨生物库电子健康记录风险评分的通用性与多基因评分的互补性
EHR风险评分跨三国生物库可转移，且与多基因评分正交，联合预测更优。
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IF36.1｜Ultrack：跨尺度细胞追踪的通用可扩展方案
用多分割假设+整数规划，Ultrack在密集3D胚胎追踪中登顶CTC挑战。
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IF50.5｜代谢物救援酶：TGDS产物维持UXS1活性
TGDS产生UDP-4-酮-6-脱氧葡萄糖，在NAD+匮乏的内质网中救援UXS1酶活性。
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IF50.5｜双功能脂质探针定量解析哺乳细胞脂质逆向转运
非囊泡转运比囊泡转运快11倍，且对脂质种类高度选择性，是维持细胞器膜脂质身份的主力。
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IF58.7｜HIV感染者共病的多组学遗传与分子图谱
整合五层组学与免疫表型，揭示NLRP12位点调控炎症小体驱动共病。
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IF36.1｜深度学习预测基因扰动效应仍不敌简单线性基线
多个单细胞基础模型在预测扰动后表达变化上未能超越简单基线，提示需加强基准测试。
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IF36.1｜ProDomino：机器学习预测蛋白结构域插入位点，一步构建光/化学调控开关
用自然进化的结构域插入事件训练模型，实现CRISPR-Cas9/Cas12a等效应蛋白的理性开关改造。
IF58.7｜多组学肿瘤分析指导黑色素瘤治疗的可行性更正
更正此前多组学肿瘤分析指导黑色素瘤治疗可行性研究中的错误。