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高分期刊文献的中文解读，带原文图。按公众号体拆开：背景、问题、路线、亮点、数据和代码。 原文来自开放获取论文，文末标注作者、DOI 与许可，详见版权声明。
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IF31.7｜scTF-seq揭示转录因子剂量如何塑造重编程异质性
单细胞剂量-反应图谱揭示TF剂量、随机性和细胞周期如何共同决定重编程命运。
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IF36.1｜高复用三维组织成像揭示肿瘤细胞状态与免疫微环境
3D CyCIF 让厚组织切片中的完整细胞、细胞器与膜接触清晰可见，颠覆传统薄切片分析。
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IF50.5｜青年运动员反复头部撞击引发神经元丢失与炎症
反复头部撞击在CTE病理出现前已导致皮质神经元丢失和炎症。
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IF36.1｜GHIST：从H&E图像深度学习预测单细胞空间基因表达
仅凭H&E染色图像，GHIST即可预测单细胞分辨率的空间基因表达，为TCGA等大型队列添加空间组学维度。
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IF36.1｜TCAT：可复现的单细胞T细胞状态注释框架
用46个跨数据集共识基因程序，同时解析T细胞亚群、激活状态与功能。
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IF46.9｜Systema：超越系统变异评估扰动预测
现有扰动预测高分多由系统变异驱动，Systema框架揭示真实挑战。
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IF31.7｜单细胞3D基因组图谱揭示Kras驱动癌症演化瓶颈
3D基因组结构在癌前阶段先收敛再在侵袭阶段分化，形成可预测预后的结构瓶颈。
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IF36.1｜流式细胞术实现超高规模细胞互作图谱
用流式细胞术同时测单细胞和物理互作细胞，成本低、通量高，可挖掘免疫治疗机制。
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IF50.5｜鼠狐猴单细胞图谱揭示灵长类基因、生理与疾病
首个鼠狐猴全身单细胞图谱，系统注释灵长类特异基因与疾病模型。
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IF46.9｜Silhouette 在单细胞整合基准中的缺陷
Silhouette 指标在单细胞整合评估中不可靠，作者提出替代方案。
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IF50.5｜肥胖与减重中脂肪组织微环境的细胞选择性重塑
减重逆转脂肪组织衰老，但巨噬细胞激活状态顽固残留，为体重反弹埋下隐患。
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IF50.5｜CDK有丝分裂调控的时空编排
CDK首先在细胞核内激活，并通过核输出驱动胞质激活，中心体仅作信号中继。
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IF50.5｜小鼠肝脏类组装体模拟汇管区结构及胆管纤维化
利用肝细胞、胆管细胞和间充质细胞构建的类组装体，成功模拟了汇管区结构和胆管纤维化进程。
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IF50.5｜多代细胞追踪揭示DNA复制与可遗传损伤
用内源标记和单细胞谱系追踪，看清DNA损伤如何跨代传递并制造细胞异质性。
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IF31.7｜整合人内胚层类器官单细胞图谱揭示类器官保真度
近百万细胞、218个样本，系统评估类器官与体内组织的相似性。
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IF50.5｜致癌基因畸变驱动髓母细胞瘤进展而非起始
单细胞多组学揭示：大片段CNV是起始事件，MYC/MYCN扩增多为亚克隆且驱动进展与复发。
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IF50.5｜单细胞转录组揭示水稻根系适应土壤胁迫的细胞机制
scRNA-seq+空间转录组揭示根系外层细胞主导土壤响应，ABA驱动屏障形成减少失水。
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IF50.5｜深度视觉蛋白质组解析遗传性肝病蛋白毒性
单细胞空间蛋白质组揭示AATD肝细胞应激时序与晚期球状聚集体表型。
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IF50.5｜PRDM16+RORγt+耐受性树突状细胞诱导肠道抗原耐受
新鉴定的tolDC亚群同时调控食物和菌群抗原的pTreg分化，缺失则导致过敏和炎症。
IF58.7｜PCOS子宫内膜单细胞图谱揭示疾病特征与二甲双胍逆转作用
单核RNA测序揭示PCOS患者子宫内膜细胞类型特异性改变，二甲双胍可广泛逆转。
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IF50.5｜生发中心B细胞通过调控体细胞高频突变速率增强抗体亲和力成熟
高亲和力B细胞分裂更多但突变更少，通过缩短G0/G1期降低突变率，保护自身不被有害突变拖累。
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IF31.7｜NicheCompass：基于通讯程序的空间生态位定量刻画
用图深度学习把细胞通讯编码进细胞嵌入，让空间生态位识别从“看位置”升级为“看信号”。
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IF36.1｜特征选择方法影响单细胞整合与查询性能
2,000个高变基因是整合与查询的稳健起点，Seurat-VST表现最佳。
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IF36.1｜Xenium原位数据质量评估与最佳分析流程
25套Xenium数据横跨多组织多物种，与8种空间转录组技术对比，给出从分割到聚类的全流程最佳实践。