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IF36.1｜原生Top-down质谱新算法揭示隐藏蛋白修饰（原文图，详见文章页署名）

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结构与蛋白质组2025/09/29

IF36.1｜原生Top-down质谱新算法揭示隐藏蛋白修饰

precisION软件用片段级开放搜索发现未注释的磷酸化、糖基化和脂化修饰。

IF50.5｜设计促进解离机制实现细胞因子信号的时间调控（原文图，详见文章页署名）

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结构与蛋白质组2025/09/24

IF50.5｜设计促进解离机制实现细胞因子信号的时间调控

通过设计应变激发态，实现效应物诱导的靶标解离加速高达5700倍，并用于秒级关闭IL-2信号。

IF36.1｜厚样品冷冻电镜新方法：tcBF-STEM 实现剂量高效成像（原文图，详见文章页署名）

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结构与蛋白质组2025/09/23

IF36.1｜厚样品冷冻电镜新方法：tcBF-STEM 实现剂量高效成像

倾斜校正明场 STEM 在厚样品上实现 3–5 倍剂量效率提升，并重建出 7 Å 病毒颗粒结构。

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结构与蛋白质组2025/09/17

IF50.5｜mTORC1在溶酶体膜上激活的结构基础

溶酶体膜本身是整合生长因子与营养信号、实现mTORC1高效激活的关键结构平台。

IF50.5｜MPO通过寡聚状态切换驱动染色质解聚与NET形成（原文图，详见文章页署名）

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结构与蛋白质组2025/09/17

IF50.5｜MPO通过寡聚状态切换驱动染色质解聚与NET形成

MPO二聚体拆解核小体，单体则稳定结合，同一蛋白两种身份。

IF36.1｜基于生物物理模拟的蛋白质语言模型METL（原文图，详见文章页署名）

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结构与蛋白质组2025/09/11

IF36.1｜基于生物物理模拟的蛋白质语言模型METL

用Rosetta模拟数据预训练蛋白质语言模型，再结合少量实验数据微调，在低数据量和外推任务中表现优异。

IF50.5｜靶向融合前gB的纳米抗体广谱中和HSV-1和HSV-2（原文图，详见文章页署名）

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结构与蛋白质组2025/09/03

IF50.5｜靶向融合前gB的纳米抗体广谱中和HSV-1和HSV-2

首个融合前构象特异性的HSV gB纳米抗体，揭示全新中和机制。

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结构与蛋白质组2025/08/26

IF36.1｜实验性冷冻电镜断层成像基准数据集

近500张带金标准标注的冷冻电镜断层图，为粒子自动标注算法提供真实基准。

IF36.1｜DeepMVP：基于高质量数据训练的深度学习模型精准预测PTM位点及变异影响（原文图，详见文章页署名）

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结构与蛋白质组2025/08/26

IF36.1｜DeepMVP：基于高质量数据训练的深度学习模型精准预测PTM位点及变异影响

用241个质谱数据集重分析构建PTMAtlas，训练DeepMVP，六类PTM预测全面超越现有工具。

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结构与蛋白质组2025/08/20

IF50.5｜电子衍射实验测定原子部分电荷的新方法

iSFAC建模让每个原子的部分电荷可直接从晶体结构解析中获得，无需特殊软件或高分辨率数据。

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结构与蛋白质组2025/08/20

IF50.5｜PMCA2钙泵超快转运的分子机制

8个状态结构揭示PMCA2如何以千赫兹速率排钙，PtdIns(4,5)P2是关键“门闩”。

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结构与蛋白质组2025/08/06

IF50.5｜Kv通道快速N型失活的冷冻电镜结构机制

Shaker钾通道N端乙酰化Ala插入内孔，直接结合I470，揭示快速失活的结构基础。

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结构与蛋白质组2025/07/09

IF50.5｜代谢如何塑造酶结构四亿年演化

11,269个酶结构揭示代谢网络、丰度与成本如何分层约束酶演化。

IF50.5｜GluA3 AMPA受体的独特结构、动态与生物发生机制（原文图，详见文章页署名）

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结构与蛋白质组2025/07/01

IF50.5｜GluA3 AMPA受体的独特结构、动态与生物发生机制

GluA3同聚体采用前所未有的NTD–LBD耦合架构，Arg163堆叠是关键。

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结构与蛋白质组2025/06/25

IF50.5｜镝酰胺-烯烃配合物实现100 K软磁滞

镝酰胺-烯烃配合物1-Dy在100 K仍保持软磁滞，Ueff达1843 cm⁻¹。

IF50.5｜TTYH2与APOE在内体中介导脂质转移（原文图，详见文章页署名）

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结构与蛋白质组2025/06/25

IF50.5｜TTYH2与APOE在内体中介导脂质转移

TTYH2是APOE脂蛋白的内体卸载催化剂，加速脂质向膜转移。

IF50.5｜小脑天然钙通透AMPA受体的组装与门控机制（原文图，详见文章页署名）

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结构与蛋白质组2025/06/23

IF50.5｜小脑天然钙通透AMPA受体的组装与门控机制

首次解析天然CP-AMPAR结构，揭示GluA1/A4非随机组装及NOE1稳定ATD层的新机制。

IF50.5｜微肽“杀伤开关”重塑凝聚体微环境并揭示其功能（原文图，详见文章页署名）

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结构与蛋白质组2025/06/04

IF50.5｜微肽“杀伤开关”重塑凝聚体微环境并揭示其功能

一种非天然微肽可靶向多种内源凝聚体，改变其物质性质并揭示微环境与功能的直接关联。

IF50.5｜EndoMAP.v1绘制人类早期内体复合物结构图谱（原文图，详见文章页署名）

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结构与蛋白质组2025/05/28

IF50.5｜EndoMAP.v1绘制人类早期内体复合物结构图谱

整合交联质谱与AlphaFold，首次系统解析早期内体蛋白互作与结构。

IF50.5｜人类SLC35B1分步转位ATP进入内质网的机制（原文图，详见文章页署名）

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结构与蛋白质组2025/05/21

IF50.5｜人类SLC35B1分步转位ATP进入内质网的机制

SLC35B1是内质网ATP/ADP交换器，通过分步转位机制将ATP运入内质网。

IF50.5｜SIFI复合物介导整合应激反应沉默的结构基础（原文图，详见文章页署名）

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结构与蛋白质组2025/05/06

IF50.5｜SIFI复合物介导整合应激反应沉默的结构基础

冷冻电镜揭示SIFI如何用一套酶同时监测应激并降解多种底物。

IF50.5｜冷冻电镜揭示天然RNA-only巨型复合物结构（原文图，详见文章页署名）

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结构与蛋白质组2025/05/06

IF50.5｜冷冻电镜揭示天然RNA-only巨型复合物结构

三种大型细菌RNA无需蛋白质即可自组装成二聚体或纳米笼。

IF50.5｜ATP驱动的甲基辅酶M还原酶激活复合物结构（原文图，详见文章页署名）

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结构与蛋白质组2025/04/16

IF50.5｜ATP驱动的甲基辅酶M还原酶激活复合物结构

首次解析产甲烷菌MCR激活复合物的高分辨率结构，揭示ATP依赖的激活机制与氮酶样铁硫簇电子传递通路。

IF36.1｜PTM-Mamba：首个感知翻译后修饰的蛋白质语言模型（原文图，详见文章页署名）

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结构与蛋白质组2025/04/10

IF36.1｜PTM-Mamba：首个感知翻译后修饰的蛋白质语言模型

用双向Mamba块和门控融合，让蛋白质语言模型首次显式建模PTM，提升疾病关联、可成药性和PTM效应预测。