IF50.5｜野生白眉猴猴痘暴发溯源至火脚绳松鼠

首次直接捕捉到MPXV从松鼠到非人灵长类的跨种传播事件。

这篇按生信解读号的读法拆：先看背景和问题，再看作者怎么做、做出了哪几条硬发现，最后把数据和代码收走。

研究背景

猴痘病毒（MPXV）在非洲中西部持续引发疫情，2022年和2024年两次被世卫组织列为国际关注的突发公共卫生事件。非洲啮齿动物，尤其是松鼠，长期被怀疑是MPXV的自然宿主，但一直缺乏从松鼠到人或非人灵长类直接传播的证据。在科特迪瓦塔伊国家公园，长期健康监测项目曾多次在野生黑猩猩和白眉猴中检测到MPXV暴发，但感染源头始终不明。

科学问题

卡在哪里： 尽管历史血清学调查、PCR检测和生态位分析均指向绳松鼠是MPXV的潜在自然宿主，但从未在野外直接观察到从松鼠到其他宿主的传播事件，也无法确定病毒如何进入非人灵长类群体。

本文要回答： 本文旨在通过整合流行病学调查、病毒基因组学和食性分析，追溯塔伊国家公园白眉猴群2023年MPXV暴发的源头，并验证火脚绳松鼠作为传播来源的假设。

技术路线

作者主要用了：病毒qPCR、杂交捕获测序、系统发育分析、粪便宏条形码、行为录像。

研究团队首先对暴发猴群进行纵向粪便采样和尸检，通过qPCR确认MPXV感染；随后利用杂交捕获测序组装病毒基因组，并与同期在该区域发现的一只死亡火脚绳松鼠体内病毒基因组进行比较；最后通过粪便宏条形码检测猴群食性中的松鼠DNA，结合行为录像，重建从松鼠到白眉猴的传播链。

图 1　Fig. 1。图1展示火脚绳松鼠在非洲的分布（红色条纹）和塔伊国家公园位置（绿色），以及白眉猴群的家域（深蓝线为95%最小凸多边形，浅蓝为全年活动轨迹）。松鼠图标标记了MPXV阳性松鼠的尸检位置，距猴群家域约3公里，说明松鼠活动范围与猴群领地存在空间重叠。

核心亮点

亮点 1｜暴发波及三分之一猴群

2023年1月底至4月，塔伊国家公园一个由80只白眉猴组成的习惯化群体中，26只（32.5%）出现皮肤病变，4只幼猴死亡。尸检样本在所有主要器官中检出MPXV DNA。暴发期间收集的170份粪便样本中，36份（来自19只个体）MPXV阳性，其中7只有症状，12只无症状；14只阳性个体是患病幼猴的母亲，但仅6只母亲出现病变。暴发结束后89份粪便样本均为阴性，表明病毒在群体内传播后清除。

图 2　Fig. 2。图2展示白眉猴感染MPXV后的皮肤病变严重程度分级：a为全身超过20个斑丘疹的重症病例，b为头部5–20个病变的中度病例，c为颈部1–5个病变的轻度病例。白色箭头指示病变位置，显示不同个体临床表现差异较大。

亮点 2｜松鼠与猴病毒基因组近乎相同

从白眉猴皮肤样本和粪便样本组装的两个MPXV基因组（覆盖度分别371×和22×）在重叠区域完全一致。从一只死亡火脚绳松鼠（距猴群领地约3公里，暴发前12周发现）获得的完整基因组与猴源病毒在181,351个重叠碱基中仅存在4个重复区域的3个缺失和1个插入，其余完全相同。贝叶斯分子钟分析估计两病毒最近共同祖先可追溯至2021年（95% HPD: 2019–2022），支持近期跨种传播。

图 3　Fig. 3。图3为猴群个体粪便样本的MPXV检测时间线。每条线代表一个个体，实心圆为病毒阳性，空心圆为阴性。红色实心圆表示同时检出松鼠DNA和MPXV的样本（指示病例12月6日），红色空心圆表示仅检出松鼠DNA的样本。灰色阴影为群体出现临床症状的时期，蓝色阴影为个体症状期。该图清晰显示指示病例在症状出现前近两个月已开始排毒。

亮点 3｜粪便中同时检出松鼠与病毒DNA

对暴发前16周收集的114份粪便样本进行回顾性检测，发现10份MPXV阳性（8.8%），其中最早的3份阳性样本来自同一只无症状个体（12月6日、9日、18日），该个体被推断为指示病例。通过哺乳动物通用宏条形码，在这只指示病例的12月6日粪便样本中同时检出火脚绳松鼠DNA和MPXV DNA，这是首次在野外直接捕捉到跨种传播的瞬间。

图 4　Fig. 4。图4为MPXV clade IIa的系统发育树，红色框内为塔伊国家公园的病毒基因组。红色分支为本次白眉猴暴发和松鼠来源的病毒，星号标记来自附近城镇Guiglo的人类猴痘病例序列。树显示本次暴发病毒与塔伊地区其他MPXV聚集在一起，但与附近人类病例序列关系较远，提示存在多个独立的本地传播链。

亮点 4｜行为录像证实松鼠是猴群食物

长期行为数据中，2014年的一段录像显示一只白眉猴正在食用一只可明确识别的火脚绳松鼠；2025年的另一段录像显示白眉猴捕捉松鼠。粪便宏条形码在暴发前的78份样本中鉴定出两份含有火脚绳松鼠DNA，证明该猴群在暴发前数周内至少两次捕食该松鼠物种。

图 5　Fig. 5。图5为2014年12月9日拍摄的录像截图，显示一只成年雌性白眉猴正在食用一只火脚绳松鼠。该行为证据直接支持松鼠是白眉猴的天然猎物，为跨种传播提供了行为学基础。

生信可带走

这一块是给做分析的人用的，不是科普点缀。

• 方法栈： 病毒qPCR、杂交捕获测序、系统发育分析、粪便宏条形码、行为录像
• 公开数据： 原文未给出公开组学登录号
• 代码： 原文未给出公开 GitHub/GitLab 仓库
• 谁该点开原文： 从事病毒生态学、人兽共患病溯源和野生动物疾病监测的研究者。

带走一句

将病毒基因组学与宿主食性宏条形码结合，可以在野外实时捕捉跨种传播事件，为溯源研究提供了可复制的范式。