周启涛生物技术工作室
微生物组与感染2025/10/15· 编译自 Nature

IF50.5|A(H5)流感抗原空间中心疫苗诱导广谱免疫

用抗原图谱设计中心抗原,一针覆盖H5亚型抗原空间。

用抗原图谱设计中心抗原,一针覆盖H5亚型抗原空间。

这篇按生信解读号的读法拆:先看背景和问题,再看作者怎么做、做出了哪几条硬发现,最后把数据和代码收走。

研究背景

高致病性禽流感A(H5)病毒在全球野生鸟类和家禽中广泛流行,并已多次感染哺乳动物包括人类,具有大流行潜力。A(H5)血凝素HA持续发生抗原演化,尤其是GsGd谱系自1997年出现以来已分化为多个遗传和抗原性不同的分支,其中2.3.2.1和2.3.4.4分支目前占主导。为应对抗原多样性,WHO每半年更新候选疫苗病毒,但这一策略被动且不可持续。现有灭活疫苗需6个月生产周期,且对免疫空白人群免疫原性低。因此,亟需设计能诱导广谱免疫的疫苗抗原,以覆盖抗原性不同的病毒。

科学问题

卡在哪里: 此前缺乏对A(H5) GsGd高致病性禽流感病毒全球抗原演化的整合分析,且基于遗传序列设计的广谱疫苗抗原未能充分反映抗原表型,因为流感病毒抗原性主要由少数氨基酸变化决定。

本文要回答: 构建高分辨率A(H5)抗原图谱,并利用该图谱设计免疫原性强且位于抗原空间中心的疫苗抗原,在雪貂模型中验证其广谱保护效果。

技术路线

作者主要用了:抗原图谱、反向遗传学、血凝抑制试验、病毒中和试验、雪貂攻毒模型

作者首先选取127个代表性HA基因,通过反向遗传学构建重组病毒,并制备33份雪貂感染后血清,进行交叉血凝抑制试验,构建三维抗原图谱。基于图谱发现抗原空间中心附近的天然抗原具有特定受体结合特性和糖基化模式,据此设计候选疫苗抗原CVA,引入受体结合位点突变和去糖基化突变,并筛选出抗原性更居中的AC-Anhui。随后在雪貂中进行疫苗接种-攻毒实验,比较AC-Anhui疫苗与同源疫苗及野生型Anhui疫苗的保护效果,通过体重、体温、病毒载量和组织病理学评估。

Fig. 1 · 原文图,按文末许可署名使用
Fig. 1 · 原文图,按文末许可署名使用

图 1 Fig. 1。图1展示了A(H5)流感病毒的遗传进化树和抗原图谱。a图是基于14,896条HA核苷酸序列的最大似然树,标注了用于抗原性分析的127个抗原和33份血清对应的病毒。b图是三维抗原图谱,不同颜色代表不同遗传谱系,可以看到GsGd谱系抗原分布广泛,而非GsGd谱系相对集中,直观反映了抗原多样性。

核心亮点

亮点 1|A(H5)抗原演化呈非定向模式

通过构建包含117个抗原和29份血清的三维抗原图谱,作者发现A(H5)流感病毒的抗原演化呈非定向模式,与人类季节性H3N2的定向漂移不同。GsGd谱系抗原在25年内的最大抗原距离达14.71 AU,远高于非GsGd谱系43年内的5.58 AU,表明GsGd谱系抗原演化速度更快。此外,遗传距离与抗原距离相关性弱,部分遗传上差异大的病毒在抗原空间上却很接近,提示少数关键氨基酸变化即可驱动抗原改变。

Fig. 2 · 原文图,按文末许可署名使用
Fig. 2 · 原文图,按文末许可署名使用

图 2 Fig. 2。图2展示了四种疫苗(IraqVACC、CVA-VietnamVACC、CVA-IndonesiaVACC、CVA-AnhuiVACC)在抗原图谱中的抗体谱。每个面板显示两只雪貂的平均HI滴度,线条连接血清位置与有反应的抗原,颜色深浅代表滴度高低。CVA-AnhuiVACC的抗体谱覆盖抗原最多,且血清位置最靠近图谱中心,表明其诱导的抗体反应最广且最居中。

亮点 2|中心抗原设计策略

作者发现位于抗原图谱中心2.5 AU内的12个天然抗原中,11个缺乏154位糖基化位点,且多数具有α2,6-唾液酸结合能力。基于此,对非中心野生型HA引入Q222L、G224S受体结合位点突变和T156A去糖基化突变,设计出CVA-Vietnam、CVA-Indonesia和CVA-Anhui。这些CVA在抗原图谱中平均距离中心1.33 AU,比野生型近4.15 AU。其中CVA-Anhui诱导的抗体反应最广,对2.3.2.1和2.3.4.4分支的几何平均滴度最高。进一步引入T134A稳定突变得到AC-Anhui,其抗原位置更居中(1.29 AU)。

Fig. 3 · 原文图,按文末许可署名使用
Fig. 3 · 原文图,按文末许可署名使用

图 3 Fig. 3。图3展示了疫苗接种-攻毒实验中各组雪貂的平均抗体谱。a-c为H5N1Giza攻毒组,d-f为H5N6Sichuan攻毒组。AC-AnhuiVACC组的血清位置比AnhuiVACC组更靠近中心,且对攻毒病毒(大球表示)的反应滴度更高,说明引入的突变增强了抗体反应的广度和中心性。

亮点 3|AC-Anhui疫苗诱导广谱抗体反应

在雪貂疫苗接种实验中,AC-Anhui疫苗诱导的血清在抗原图谱中位置更靠近中心,且几何平均滴度和可检测HI滴度的抗原数量均高于野生型Anhui疫苗。针对H5N1Giza和H5N6Sichuan两种抗原性差异大的攻毒病毒,AC-Anhui疫苗诱导的HI滴度与同源疫苗相当,而野生型Anhui疫苗未能诱导针对攻毒病毒的可检测HI滴度。

Fig. 4 · 原文图,按文末许可署名使用
Fig. 4 · 原文图,按文末许可署名使用

图 4 Fig. 4。图4展示了攻毒后雪貂的体重和体温变化。a和b显示H5N1Giza和H5N6Sichuan攻毒后各组体重变化百分比,Mock组体重下降最明显,AC-AnhuiVACC组与同源疫苗组体重下降幅度小且无显著差异。c-f显示体温变化,AC-AnhuiVACC组体温升高幅度显著低于Mock组,与同源疫苗组相当。

亮点 4|AC-Anhui疫苗提供非劣效保护

在H5N1Giza攻毒实验中,AC-Anhui疫苗组与同源Giza疫苗组均显著降低气管、支气管和肺中的病毒滴度,且AC-Anhui组与Giza组均能阻止病毒向大脑扩散,而野生型Anhui组不能。在H5N6Sichuan攻毒实验中,AC-Anhui组与同源Sichuan组在体重下降、体温升高、肺和支气管病毒滴度方面均显著优于Mock组,且AC-Anhui组所有动物均未出现肝脾病毒扩散,而野生型Anhui组有一只动物肝脾检出病毒。总体而言,AC-Anhui疫苗的保护效果不劣于同源疫苗,且优于野生型Anhui疫苗。

Fig. 5 · 原文图,按文末许可署名使用
Fig. 5 · 原文图,按文末许可署名使用

图 5 Fig. 5。图5展示了攻毒后第4天各组雪貂组织中的病毒滴度。a为H5N1Giza攻毒,b为H5N6Sichuan攻毒。AC-AnhuiVACC组在气管、支气管、肺中的病毒滴度显著低于Mock组,且与同源疫苗组无显著差异。在H5N1Giza攻毒中,AC-AnhuiVACC组大脑病毒滴度显著低于Mock组,而AnhuiVACC组无此效果。在H5N6Sichuan攻毒中,AC-AnhuiVACC组肝脾均未检出病毒,而AnhuiVACC组有一只动物肝脾阳性。

生信可带走

这一块是给做分析的人用的,不是科普点缀。

  • 方法栈: 抗原图谱、反向遗传学、血凝抑制试验、病毒中和试验、雪貂攻毒模型
  • 公开数据: 原文未给出公开组学登录号
  • 代码: 原文未给出公开 GitHub/GitLab 仓库
  • 谁该点开原文: 从事流感病毒演化、疫苗设计或抗原性分析的科研人员,尤其是关注广谱疫苗策略的生信和免疫学研究者。

带走一句

抗原图谱不仅能可视化演化,更能指导疫苗设计;中心抗原策略可突破分支限制,为广谱疫苗开发提供新范式。

本页供学习交流,不替代原文,也不代表原作者、期刊或资助方立场。引用科学结论请以正式发表版本为准。 图表按 CC BY(可转载,需署名) 使用。 版权声明

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