IF50.5｜肿瘤全区域RNA剪接异常产生可靶向公共新抗原

剪接异常产生的肿瘤全区域公共新抗原，可被TCR-T细胞识别并杀伤肿瘤。

这篇按生信解读号的读法拆：先看背景和问题，再看作者怎么做、做出了哪几条硬发现，最后把数据和代码收走。

研究背景

基于T细胞的免疫疗法在多种癌症中展现持久疗效，但肿瘤内异质性（ITH）和低突变负荷限制了其应用。目前针对体细胞突变新抗原的疗法在低突变负荷肿瘤中靶点有限。RNA剪接异常（neojunction, NJ）作为肿瘤特异性抗原来源受到关注，可激活CD8+ T细胞反应。然而，NJ在肿瘤内的空间和时间保守性尚未系统研究，其克隆性不明。

科学问题

卡在哪里： 此前研究未评估NJ在肿瘤全区域的空间和时间保守性，缺乏对公共、肿瘤全区域NJ衍生新抗原的系统鉴定和免疫原性验证。

本文要回答： 鉴定跨癌种、肿瘤全区域表达的公共NJ衍生新抗原，并验证其被T细胞识别和杀伤肿瘤的能力。

技术路线

作者主要用了：RNA-seq、CRISPRi/siRNA、质谱、TCR筛选、T细胞杀伤实验。

作者首先利用TCGA和GTEx数据鉴定跨12种癌症的公共NJ，随后在多区域取样数据中评估其空间保守性。通过分析剪接因子表达与NJ的关联，揭示驱动机制。进一步结合质谱验证NJ翻译肽段，预测HLA结合，筛选候选新抗原。最后通过体外致敏、TCR克隆、功能验证和杀伤实验，证明NEJ衍生新抗原可被TCR-T细胞识别并介导肿瘤杀伤。

图 1　Fig. 1。图1展示TCGA 12种癌症中公共NJ的鉴定流程和特征。a显示样本数量，b展示肿瘤纯度筛选，c显示PSR分布，d-f展示各癌种公共NJ数量、频率和剪接类型，g显示移码比例，h显示跨癌种共享NJ。

核心亮点

亮点 1｜公共NJ在多种癌症中高频表达

分析TCGA 12种癌症类型，平均每种肿瘤鉴定94个公共NJ（PSR≥10%，GTEx正常组织<1%）。公共NJ表达模式按肿瘤类型聚类，部分NJ跨多种肿瘤类型表达，提示可作为泛癌免疫治疗靶点。

图 2　Fig. 2。图2展示多区域取样评估NJ空间保守性。a为分析流程，b显示COAD、KICH、LIHC和STAD中肿瘤全区域NJ热图，c显示LIHC、PRAD和MESO中NJ区域检出比例，d为胶质瘤三维取样模型，e-g展示胶质瘤中NJ与IDH亚型关联及肿瘤全区域NJ数量。

亮点 2｜NJ在肿瘤内空间保守但非全区域

多区域取样分析显示，公共NJ可在多个肿瘤区域检测到，但仅少数（4.7%）在所有样本中普遍表达。在胶质瘤中，88.2%患者至少有一个肿瘤全区域NJ，25.5%患者表达超过50个。NJ在转移和复发中也有一定保守性。

图 3　Fig. 3。图3展示剪接因子失调驱动NJ表达。a-d比较IDHwt和IDHmut及亚型间NJ数量，e-f显示剪接相关基因集富集，g-h展示差异表达剪接因子，i-k显示CELF2、SNRPD2、SF3A3与NJ相关性，l显示敲低后NJ变化，m-n展示LIHC和LUAD亚型间NJ差异。

亮点 3｜剪接因子表达失调驱动NJ产生

IDHmut胶质瘤比IDHwt具有更多公共NJ，IDHmut-O亚型NJ表达更高。CELF2过表达与NJ表达正相关，CRISPRi/siRNA敲低CELF2降低NJACAP2表达。IDHmut-O中染色体1p/19q共缺失导致SNRPD2和SF3A3表达下调，敲低这些因子增加NJ表达。

图 4　Fig. 4。图4展示NEJ反应性TCR的鉴定。a为体外致敏流程，b显示IFNγ ELISA结果，c显示单细胞V(D)J测序鉴定反应性克隆，d显示TCR克隆扩增，e-f显示TCR转导T细胞剂量依赖性激活，g显示HLA阻断抑制激活，h显示胶质瘤患者PBMC中检测到NEJ反应性T细胞。

亮点 4｜NJ翻译肽段可被质谱检测

在447例胶质瘤质谱数据中，302个（38.3%）公共NJ检测到对应肽段，其中41.7%来自移码NJ。结合RNA-seq和质谱结果，192个公共NJ在患者来源样本中表达并被翻译。

图 5　Fig. 5。图5展示NEJ内源性加工呈递和T细胞杀伤。a为验证流程，b-c显示TCR转导Jurkat细胞对COS-7细胞呈递NEJ的反应，d显示质谱鉴定HLA-A2结合肽，e显示GBM115细胞天然呈递NeoAGNAS，f-g显示TCR-T细胞杀伤肿瘤细胞且HLA依赖，h显示HLA-A2转导使HLA-A2阴性肿瘤被杀伤，i显示颗粒酶B分泌。

亮点 5｜NEJ衍生新抗原可被TCR识别

从32个HLA-A*02:01高亲和力候选NEJ中，通过体外致敏鉴定出NeoARPL22和NeoAGNAS反应性TCR。TCR转导的T细胞对纳摩尔浓度肽段有反应，且HLA依赖。丙氨酸扫描显示无脱靶识别。

亮点 6｜NEJ特异性T细胞杀伤肿瘤细胞

TCR转导CD8+ T细胞可杀伤内源性表达NEJ的HLA-A*02:01+肿瘤细胞，杀伤依赖HLA-肽复合物识别。T细胞分泌颗粒酶B、IFNγ等效应分子，证实NEJ衍生新抗原足以介导肿瘤清除。

生信可带走

这一块是给做分析的人用的，不是科普点缀。

• 方法栈： RNA-seq、CRISPRi/siRNA、质谱、TCR筛选、T细胞杀伤实验
• 公开数据： 原文未给出公开组学登录号
• 代码： 原文未给出公开 GitHub/GitLab 仓库
• 谁该点开原文： 关注肿瘤免疫治疗、新抗原鉴定和RNA剪接的研究人员。

带走一句

RNA剪接异常可作为肿瘤全区域公共新抗原来源，为低突变负荷和异质性肿瘤提供TCR-T或疫苗靶点。